Entre “The Uncanny X-Men” 170 e 275 - praticamente oito anos! -, surge Madelyne Pryor, Ciclope casa-se e afasta-se da equipe (posteriormente cria sua própria equipe, o X-Factor), acontece as Guerras Secretas I e II, Xavier vai para o espaço deixando a equipe nas mãos de Magneto (a quem a equipe aproximou-se na graphic novel “Deus ama, os homens matam”) após o primeiro julgamento deste (# 200).
Não vou me aprofundar na explicação das sagas por que retornarei com posts sobre cada uma.
Esta união com Magneto seria o centro de ao menos uma série spin-off dos X-Men: “X-Men versus Vingadores”, onde aconteceria o segundo julgamento do mestre do magnetismo, novamente o inocentando-o. Como assumiu a Escola, Magnus também assume os Novos Mutantes, que após uma experiência traumática nas mãos de Beyonder são treinados durante um tempo por Emma Frost, então mentora dos Satânicos. Eles, no entanto, afastam-se de ambos quando percebem que Magnus tem interesses no Clube do Inferno. Durante um tempo sem mentor, a equipe mirim só voltaria a ter um quando Cable, um mercenário sem passado, assumiria a vaga. Isto iniciaria a fase final da série Novos Mutantes, que terminaria meses depois de Agenda de Extermínio.
O massacre e os mutantes tornam-se nômades
Os X-Men tornam-se nômades por que não aceitam facilmente a direção de Magneto. Logo enfrentam o extermínio dos Morlocks em O massacre dos Mutantes, que deixa alguns membros feridos. No verão seguinte, em A Queda do Mutantes enfrentam uma criatura mística que planeja destruir a Terra e renascem, alguns com características um pouco diferentes, em especial a telepata Psylocke e Tempestade.
Em Inferno, a terceira saga de verão dos mutantes, Madelyne Pryor, tem seu passado revelado e assume seu papel como Rainha dos Demônios. Nesta série X-Men e X-Factor encontram-se finalmente, e aparentemente os laços de amizade são lentamente reconstruídos.
